东莞是中国南方重要的铁路城市，拥有多条干线铁路和城际铁路，设有国家一类客货口岸常平站。
干线铁路
截至2018年，途经东莞市的干线铁路有广九铁路、广梅汕铁路、京九铁路、广深港高速铁路、深茂高速铁路（在建）、赣深高铁（在建）。
城际铁路
截至2018年，途经东莞市的城际铁路有广深铁路、穗莞深城际轨道、广惠城际铁路（莞惠段）。
主要车站
截至2018年，东莞市境内的主要长途火车站和城际火车站有东莞站、东莞东站、虎门站、常平站（东莞铁路口岸）、常平南站、常平东站、长安西站、长安站、东莞西站、虎门南站（在建）、东莞南站。
